科学性问题是讨论合乎伦理道德与否的前提。李醒民认为：无论是作为研究活动和社会建制的科学，还是作为知识体系的科学或科学知识，科学总是对伦理具有直接或间接性的影响。因此在讨论该技术存在的伦理道德问题之前，有必要分析其中的科学性问题。
1. 缺乏进行基因编辑的必要性
在此次事件中，受试者仅父亲感染了HIV病毒。通过抗病毒治疗、洗精技术等方式，可极大地降低父亲精子中的病毒量，保证婴儿不受到感染。即使母亲也感染HIV病毒，也可在分娩期、哺乳期实施母婴阻断技术，确保婴儿不被感染。目前，这些技术都已相当成熟。据联合国艾滋病规划署2012年发布的报告显示，2009年至2011年期间，在中低收入国家的HIV感染孕妇中推行母婴阻断技术，使49万例婴幼儿免受HIV感染。Quinn TC等人的研究表明，在HIV单阳家庭中，及时实施母婴阻断技术，可使婴儿感染概率降低96%。
另外，即便敲出CCR5基因，也仅能够保证受试者在一定时期内免受感染。因为HIV病毒变异速度快，当基因编辑婴儿再次面临变异了的HIV病毒时，此时经过基因编辑的个体是否仍能免受感染还不得而知。
假设基因编辑婴儿在相当长一段时间内能够抵抗不断变异的HIV病毒，由于CCR5是一种非常重要的，既能抗病毒，又能抗肿瘤的相关基因，因此敲出CCR5基因，只是降低了婴儿感染特定类型HIV病毒的风险，却增大了其他风险。因此本次基因编辑一方面不能完全确保该类个体不受HIV病毒的感染，同时还极可能将其置于更大的未知风险中。
2 缺乏系统完善的基因编辑准备
首先，贺建奎团队对基因编辑后可能出现的后果缺乏考虑。未充分考虑被敲出基因在胚胎发育及个体生长中的具体作用。人类进化至今，能够适应当今各种环境，说明各项身体机能早已稳定。人体疾病与健康受基因调控，而基因对人体的调控作用十分复杂，基因与疾病并非简单的一一对应关系，人体基因可以看作是一个系统，改变一部分基因，可能会对整个调控系统造成破坏，从而导致人体出现不可逆转的严重损害。在未充分研究被敲出基因对人体作用机制的前提下，就贸然将其敲出，其可能造成的后果和风险将无法想象。
其次，在进行基因编辑前，缺乏系统的动物实验。根据《纽伦堡法典》第三条：人体实验应该立足于动物实验取得结果，对疾病的自然历史和别的问题有所了解的基础上，经过研究，参加实验的结果将证实原来的实验是正确的。历史早已证明，动物实验的必要性是生物医学界的共识。贺建奎团队在伦理申请表中提到前期已在猴等动物身上进行过相关实验，但仅仅描述了实验过程，却无任何相关数据以及后续观察结果。仅凭这些无法证明其团队进行过相关动物实验，更遑论验证该技术的安全性和可靠性。事实上，在一项技术应用于人体前，必须先对哺乳动物，尤其是非人类灵长类动物进行相关实验，以评估效果及风险。
3 基因编辑技术不完备
尽管基因编辑技术有望在基因诊疗、基因药物等方面为人类带来巨大福利，但就目前阶段而言，该技术尚存在着无法消除的生物学风险，包括健康风险、遗传风险以及进化风险等。
健康风险涉及到两类：“脱靶”效应和“嵌合体”现象。“脱靶”效应是指CRISPR/Cas9核酸酶可能会对非靶标的位点进行切割，造成基因序列缺失和混乱。“脱靶”效应易引起不可控的突变。“嵌合突变”现象是指编辑后的基因注入到受精卵后，由于不同细胞编辑方式和修复效果不统一，导致后期胚胎混杂了被修复和未经修复的细胞。两类风险均可能使得基因编辑效果变得极其不确定，导致被编辑对象的身体机能紊乱。
遗传风险、进化风险与健康风险紧密联系。健康风险主要针对个体和群体，而遗传风险、进化风险则针对全人类。人类遗传系统在漫长的进化过程中，已形成相对稳态，运用基因编辑技术对基因进行编辑，可能会因为技术不当等因素造成个体基因出现错误，而后被编辑的基因又通过该类个体的繁衍，带入人类基因池，从而造成人类的遗传风险。人类的进化是一个缓慢、自然的过程，基因编辑技术则是以一种剧烈、突然的方式改变人体基因，使个体背离自然进化的轨迹，往人类主导的方向高速变化。另外人体本身可以看作是一个系统，各基因之间相互联系、相互制约，而基因编辑技术可能会打破这种协调关系，造成人体基因的结构性紊乱，对人类后代产生难以预估的不利后果。
贺建奎在香港第二届人类基因组编辑国际峰会上表示，对出生的婴儿进行检测时发现，其中一名婴儿发生移码突变，会导致CCR5蛋白缩短，可能会达到防止HIV病毒感染的效果，然而另一名婴儿中发生的突变会使得HIV的结合位点变得不稳定。令人不解的是，贺建奎曾于2017年2月在科学网博客上发表了一篇题为《人类胚胎基因编辑的安全性尚待解决》的文章，并表示在解决安全问题前，任何基因编辑都是极不负责任的。
4 基因编辑婴儿对艾滋病天然免疫的验证问题
贺建奎团队声称婴儿的基因已经过人为修饰，能够天然抵抗艾滋病。前面已经指出HIV病毒变异速度极快，不能确保基因编辑婴儿再次面临变异的HIV病毒时，仍能免受感染，因此“对艾滋病免疫”一说不具备充分的说服力。另外，CCR5基因是HIV病毒入侵机体细胞的主要辅助受体之一，中国人群CCR5基因频率明显低于欧洲人。因此该事件基因编辑婴儿被敲出了CCR5基因，对流行于亚洲地区的HIV病毒类型作用不明显，只是对流行于欧洲地区的HIV病毒类型有较大作用。同时，如何确认基因编辑婴儿对艾滋病天然免疫也是一个问题，因为不可能让基因编辑个体暴露在HIV病毒环境下，来验证是否免疫，这么做很显然有悖伦理道德。因此贺建奎团队如何验证并得出“基因编辑婴儿对艾滋病天然免疫”的结论，还有待观察。
5 基因编辑结果存疑
据贺建奎在第二届人类基因组编辑国际峰会上展示的结果显示，双胞胎婴儿至少有一个没有完全编辑成功，即没有获得所谓的艾滋病抗性。这究竟是因为技术失败还是研究者刻意设置的对照？很显然，无论是技术失败还是刻意设置对照，研究者的动机都值得质疑。其中，如果是研究者刻意设置对照，那不仅挑战了医学伦理道德，甚至已经触碰了法律底线。
因此，即便某项技术已被证明可行，但在实际运用于人类身上的过程中，如果出现可靠性低、或者在运用前根本没有经过可靠性验证，那么这项技术可归为伪技术。伪技术相对技术而言，技术是指为满足人类需求，而创造的特定手段、方法、技能的总和。伪技术区别于技术之处在于技术思想违背科学理论，并且缺乏实现技术思想所应有的条件。