（一）法律制度不完善
目前，我国关于宅基地的法律规定分散于《宪法》《土地管理法》《物权法》等法律规范中，内容较为零散且不成系统。在宅基地“三权分置”后，由于所有权和使用权的分离，使得宅基地和农地一样可流转抵押,宅基地的可流转必将对其配套的法律制度产生更高的要求，使得本就供给不足的宅基地法律制度更加不能匹配现有政策，农户在进行宅基地流转时很可能因为法律制度不明晰、不完备导致其自身权益受损，从根本上无法全面保障农村宅基地所有权的正常、有序运行。
（二）金融风险控制难度加大
土地流转前，传统农地金融主要以农户小额信贷为主，小规模的农业生产方式决定了资金规模小、期限短、客户分散、风险较小且相对可控等特点，“三权分置”后，数量庞大的宅基地可流转，生产经营由原来的个人承包经营变为规模化和集群化，中长期资金需求增多且相对集中，并且存在多样化的农作物生长周期与银行现行贷款期限不匹配这一问题，同时因农业生产本身具有不确定性，受季节和自然条件等影响较大，无形中都增加金融机构的还贷风险。
（三）产权不明晰导致农户办理抵押贷款难度大
农户在利用闲置土地进行抵押贷款时往往难度较大，花费较高的时间成本。以四川省冉义镇为例，当地金融机构在办理金融业务，如农地抵押贷款时需满足两个条件：一是农地需经过确权且取得农地的经营权证，二是农户需参加培训成为职业农业经理人。首先，取得农地的经营权证需要到当地的相关机构将手中已有的农地的承包经营权证进行“分离”后才能得到符合条件的农地经营权证，其次，金融机构为降低还贷风险，提高还贷率，要求农户参加培训，本意是为提高农户的生产技能和还贷能力，但此举同时增加农户的时间成本。在这种情况下，农户发现从金融机构获取资金较难，不排除有部分农户为此而放弃这一获得资金的途径，转而求助于第二、三产业或其本身的社会关系以获得贷款，难以推动农村金融的发展。
（四）小型农户办理金融业务较难
金融机构在对不同农户的资金申请进行审核以决定是否发放贷款时，常常优先考虑所抵押土地面积大的农户，在金融机构无法对农户的个人能力进行评估时，农户所抵押土地面积的大小成为金融机构评估农户还贷能力的重要标准。金融机构认为即使大型农户丧失还贷能力，那么其抵押的面积较大的土地存在一定的价值，可将土地整合后处理以减少无法还贷的损失，而小型农户在办理贷款等金融业务时，虽拥有土地这一良好的抵押品，但由于面积较小，金融机构在评估时往往会认为其还贷能力较低，并且小型农户确认无法偿还贷款时，其所抵押的土地也会因为面积较小不具备太大重新整合后处理的价值，出于此种考虑金融机构一般不愿意将贷款发放给小型农户，即使发放，还贷利率也会高于大型农户，小型农户贷款难问题依旧未得以解决。
（五）宅基地价值评估标准不一
评估和交易机构缺乏统一的宅基地价值评估标准，并且没有完善的交易平台和交易市场。当前，对于宅基地评估的机构较少，即使个别地方存在类似的评估机构，但其内部缺乏科学统一的评估指标或标准，导致评估价值高低不一，影响宅基地抵押融资业务的开展。同时，由于交易平台和市场的不完善，大部分的宅基地流转业务主要为私下交易，交易范围狭窄且供给不足，大部分的宅基地业务流转仅限于当地，流转环境较为封闭，闭塞的市场阻碍了农地金融发展。