京杭运河山东段全长510.6公里，始于隋炀帝大业四年(608)永济渠的开通，使涿郡(今北京)可通过水路至山东西北德州、武城、临清等地，至元二十年（1283年）到二十六年（1289年），元政府先后用大批人力开通了济州渠和会通河，与过去经过山东境内的永济渠相连接，形成了南起微山湖、北到德州的整个山东境内的水路交通线。至元二十六年(1289)，元政府开凿东平安山至临清的运河河道，上接济州河、下通卫河，并以"开魏博之渠，通江淮之运，古所未有，诏赐名会通河"(《元史·世祖纪》)。由于京杭运河聊城段所经过的地区南北落差较大，且无水源补给，为了"以节蓄泻"，确保运河畅通，元明清时相继在这一段河道上兴建了三十余处船闸，因此也被称为"闸河"，大运河聊城段工程密集，是大运河工程技术最复杂的河段之一，也是大运河中通航困难最多、治理最难和管理最为复杂的河段之一，集中体现了古代中国人民的劳动智慧与科技水平，元明清时期，会通河一直是南粮北运以及南北经济文化交流的重要通道，聊城也得益于京杭大运河漕运的兴盛，经济繁荣、文化昌盛达400年之久，至今聊城运河沿岸还保留着大量十余处水利工程设施及其他重要文化遗存，包括大量的古船闸、码头、古桥等重要水利和交通设施，是运河漕运发达的重要实物见证，具有很高的文物价值，其蕴含的人文价值是其他河段无法比拟的。此外，运河沿岸还散落着众多古建筑、古民居、古城镇、古街巷等，它们都是研究各时代建筑艺术、漕运历史、运河沿岸城市的形成发展、明清城市的经济文化尤其是市井文化、封建社会经济关系、社会形态等的重要实物资料。
元代后期由于中原地区战乱不休，运河一度处于停运状态。明朝永乐年间，又对运河山东段进行全面疏浚，兴建了一系列保持水势的设施，使运河全线畅通。这种状况持续了四百年之久。清咸丰五年(1855)，由于黄河改道，将山东境内运河冲为南北两段，从而无法保持全线的畅通，运河运输能力大为削弱。光绪二十七年，清政府下令废止了河运。
京杭大运河聊城段是古代会通河的一部分，从阳谷县的张秋镇入境，向北穿越阿城、七级，进入东昌府区的李海务、聊城城区、梁水镇，经临清市的魏湾、戴湾等乡镇进入卫运河，全长97.5公里。其走向大致为：聊城市城区以南至张秋段为南北走向，城区以北至临清段为东南西北走向，由于聊城市地势西南高东北低，运河同样是南高北低，运河水基本上是由南向北顺流而下，自元代会通河开凿通漕至停止，聊城段运河河道的变迁主要集中在运河入卫口及张秋段附近。
经调查考证发现京杭大运河聊城段的变迁主要如下:
1.1运河入卫口由北向南移
元代的运河入卫口是从鳌头矶向北入卫，据《临清县志》记载：在明永乐十三年（1415年）治理会通河时发现，鳌头矶向北的这条河道，“卫河益深，闸益高，水势冲激益险，甚为行舟之患”，因此，“明永乐十五年又开凿南河。以便行舟，自兹以后，河运通行”，南河即从鳌头矶东，把原向西北的河道改向西南，就是现在临清公园北门向南的那条河。
1.2黄河在张秋南冲断运河夺大清河入海
清咸丰五年以后，黄河在张秋以南将运河拦腰截断，黄河穿运口由苏北清口移至张秋以南，运河水源随黄河东流入海，张秋至临清段200里运河水源断绝，再加上运河淤积和河堤损坏严重，运河运输能力骤减，每年仅10万石左右，主要以海运为主。就河运而言，张秋以南的安山至八里庙55里运道，堤岸残损，黄水漫流，河道淤塞，行船时要在堤岸缺口处挑钉木桩，并联以铁索，用人力牵挽。张秋至临清段运道淤积严重需大力开挖，在水源处理上与每年黄河汛末消落时闭闸蓄水，或设法引黄分塘拦蓄以行运，或引坡水逐段倒塘灌放。在漕船过黄河时，从公元1855年开始到公元1901年漕运废止的46年间，原来从安山至张秋的一段运道，因堤岸残损、黄溜凶险、枯树纵横而无法使用，漕船渡黄的时候，要改道由安山镇附近入盐河（坡河），到盐河与黄河的交会处，再逆水而西至八里庙通北运口，这一段要比以前多绕行100多里；光绪元年（公元1874年）穿黄处黄河大溜分为两段，一股南注十里堡，一股北经八里庙，当时漕船往往由黄河南溜下行，至交会处转入北溜，然后逆水至八里庙通北运口，这一段仍要绕行50多里，光绪七年（公元1880年），因北运口淤积严重，不益行舟，遂改新运口于陶城埠，开新河至阿城闸入运河，此后的运道不再经过张秋，一直到漕运废止的公元1901年。张秋镇以南至黄河段运河废弃后逐渐淤塞，现在几乎已经淤平，大部分河杈里都种了庄稼。
1.3漕运废止后运河的变化
民国期间曾试图恢复黄河以北至临清的水上运输，民国二十年至二十二年（公元1931年—1933年）先后治理了鲁西北的排水干流。民国二十四年（公元1935年）重新疏浚运河，在聊城境内建徒骇河穿运涵洞四孔，马颊河穿运涵洞四孔，对排泄运西涝水起一定作用，当时运河也一度通航。1938年日寇侵占聊城后，运河长期无人治理，遂成废河。建国以后，党和政府对聊城段运河作了进一步的改造和利用，目前黄河以北阳谷段运河改为排水河道，东昌府区段改为引黄灌区二干渠，在城南四河头处建有穿徒骇河渡漕枢纽工程，二干渠灌溉面积102万亩，聊城市东昌湖水源就是依靠这条干渠供水。1959年，为加强农田灌溉，新开挖黄河北岸位山至临清段运河，在王堤口穿徒骇河与王铺穿马颊河处修建了穿涵，位山至临清段运河称位临运河，全长110公里，后来这条运河又改为引黄三干渠。1981年以来的历次引黄济津，就曾利用这条干渠。