“没有全民健康，就没有全面小康”。当前经济、社会、环保等非卫生健康部门对健康问题的关注不够，将健康融入所有政策的制度性安排和长效机制没有建立，难以应对复杂的社会因素对健康的影响。
1 健康危险因素在村镇更加突出。近些年来，伴随着经济和社会的高速发展，食品安全、空气污染、土壤污染、水环境污染，这些危害人们健康的不利因素在农村尤为突出，由于粗放式、不可持续的发展方式又造成了治理上的不重视。
2 公共卫生基础设施相对薄弱。现阶段公共卫生基础设施的不足与群众需求不断增长之间矛盾将是健康村镇建设中长期存在的矛盾。优质医疗资源、优质健身设施等都集中在城市，资源配置的不均衡导致农村基础设施的薄弱，在健康村镇建设中要分步骤、有侧重的逐步完善与健康相关的各种基础设施的建设。
3 健康服务在村镇供给不足。1978年，在国际初级卫生保健会议上发布的《阿拉木图宣言》指出“健康是人类的基本权利，政府有责任提供适宜的技术和方法促进居民的健康，获得最高质量的健康状况是全世界共同追求的目标”。但经过几十年的发展在广大农村地区仍然存在着有需求无消费的现象，在健康服务上还是存在低效供给、无效供给的状况。
4 人口老龄化在村镇尤为明显。健康村镇建设面向的是最基层的广大农村地区，随着城镇化建设的进程，广大农村地区出现空心化的现象，面对乡镇人口老龄化的蔓延等社会问题，基层医疗机构无法满足现实的医疗养老需求。