肠道为微生物提供了良好的栖息环境，人体肠道微生物群主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、梭杆菌和疣微菌门等6大门的细菌组成，至少包含1000-1200种细菌；成年人的肠道微生物群尤以厚壁菌门（约占64%）和拟杆菌门（约占28%）的细菌居多。肠道微生物群的数量极其庞大，不过到目前为止，科学家仍然未能明确人体自身细胞的数量以及人体携带的肠道微生物的数量。新的数据显示，一个70 kg的成年人所携带的细菌数量约为3.8×1013，而人体自身细胞的数量约为3.0×1013，两者的比率接近1:1，而不是过去认为的10:1；质量约为0.2 kg，也不是过去认为的1.2-1.5 kg。人体肠道微生物群的主要组成类群非常相似，但在不同的宿主个体之间，不同微生物类群的相对含量和菌株种类等存在着很大的差异性，并可能随着宿主个体的年龄、性别、种族、地域、生理状况、饮食习惯甚至摄入饮食的变化等而发生改变。
由于目前仍不能确定处于母体子宫内的胎儿是否具有正常菌群，故推测人体肠道细菌的定植最早发生在分娩阶段，主要通过自然分娩、母乳喂养等方式使婴儿肠道形成最初的肠道微生物群，不过可能受到剖腹产、孕期感染及围产期使用抗生素、饮食（如婴儿配方奶粉喂养）等因素的影响[3]。值得关注的是，分娩方式的不同将极大的影响婴儿肠道微生物群的组成，自然分娩婴儿的肠道微生物群类似于母亲的阴道和肠道正常菌群，而剖腹产婴儿的则更类似于母亲的皮肤正常菌群，并由此影响到婴儿在后天发育过程中对营养的吸收利用，甚至成长后的脾气、性格、行为方式等。