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曾用刊名：第二军医大学学报
《海军军医大学学报》（原《第二军医大学学报》）是由海军军医大学主管、海军军医大学教研保障中心主办，国内外公开发行的综合性医药卫生类学术刊物，1980年6月创刊，2022年2月改为现刊名。
本刊为月刊，A4开本，80 g铜版纸彩色双胶印刷。国内统一连续出版物号：CN 31-2187/R，国际标准连续出版物号：ISSN 2097-1338。本刊面向全国和海外作者征稿，主要报道基础医学、临床医学、预防医学、军事医学、药学和中医学等领域的最新科研成果。由著名肝胆外科专家、国家最高科技奖获得者吴孟超院士任主编。辟有院士论坛、中青年学者论坛、专家论坛、专题报道、论著、研究快报、综述、学术园地、海洋军事医学、病例报告等栏目。读者对象主要为从事医药卫生工作的中高级科研、医疗、教学、预防机构人员和高等医药学院校的师生。
本刊一直被《中文核心期刊要目总览》确认为中国综合性医药卫生类核心期刊，是中国科技论文统计源期刊、中国科学引文数据库源期刊，被包括中国知网、万方数据等在内的国内所有重要检索系统收录，并被荷兰《医学文摘》（EMBASE）、荷兰斯高帕斯（Scopus）、美国《化学文摘》（CA）等国际知名检索系统收录。
自1980年以来，本刊先后多次获全国、全军、教育部和省、市优秀科技期刊评比一、二等奖，包括国家期刊奖百种重点期刊奖、国家期刊奖提名奖、全国高校精品科技期刊奖、全国高校优秀科技期刊评比一等奖、中国精品科技期刊、中国高校精品科技期刊奖、中国百种杰出学术期刊、中国高校百佳科技期刊等。