1984年4月，在北京建筑设计院等单位牵头组织成立了“北京市医院污水污物处理技术协会”。在北京市建委、计委、卫生局、环保局等单位的倡导下，结合长期的设计经验和对医院污水的水量、水质、工艺流程的进一步研究。以萧正辉工程师为核心的“医院污水处理研究小组”建立和完善执行医院污水处理的排放标准，1983年卫生部颁布了《医院污水排放标准》(GB48-83)；1985年卫生部为加强医院污水处理技术指导，成立了全国医院污水消毒处理咨询委员会，1987年中国工程建筑标准化委员会颁布了《医院污水处理技术规范》(CECS07-88)。我国医院污水长期执行《污水综合排放标准》（GB 8978-1996）。2003年SARS在中国爆发，对当时的污水处理工艺技术、装备和管理水平提出了艰巨的考验，国家环保总局组织编制了《医疗机构水污染物排放标准》和《医院污水处理技术指南》，后颁布《医疗机构水污染物排放标准》（GB 18466-2005），以替代先前采用的《医疗机构污水排放要求》(GB 18466 -2001), GB 18466-2005为我国现行医院污水标准。
医院污水来源及成分复杂,含有病原性微生物、有毒有害的化学污染物、重金属、有机物和放射性污染等,不经有效处理将成为一条疫病扩散的重要途径和严重的环境污染源。医院污水的性质也取决于医院的性质，在我国医院门类分割较细，包括，综合医院、中医医院、中西医结合医院、民族医院、康复医院、疗养院、专科医院（传染病医院（包括结核医院）、心血管病医院、肿瘤医院、口腔医院、妇产医院、精神病医院）等。且我国有特色的传染病医院和非传染病医院的划分，然而70%的传染病患者早期是在非传染病医院中确诊的。同时，我国近年来医疗器械升级换代较快，沿海发达城市跟内陆欠发达省市的就医条件差异较大，医用废弃物收集、分类、消毒执行程度参差不齐。更为重要和特色的，我国具有人口老龄化的社会结构趋势，未来二三十年医院负荷和医院污水将持续增长，对污水的有效处理提出了新的挑战。
2003年，国家环保总局对全国28个省50床以上的医院的污水处理现状进行调查。当时我国50床以上的医院共计8515家,床位总数1333109张,有污水处理设施的医院4935家,占总数的58%。医院污水排放总量为82.34万吨/天,实际处理量为67.95万吨/天,处理率为82%,按现行排放标准达标排放量58.15万吨/天,达标率70.6%。医院污水占全社会总污水排放量的1.73%。不同地区医院污水处理设施的拥有率存在较大差异,北京、江苏等地的拥有率较高,在 90%以上,而内蒙、陕西和西藏等地的拥有率较低,10%- 30%。医院排水量占总用水量的80%，大型医院中污水量0.8吨/（天·床）。
2003年8～11月上海市金山区疾病预防控制中心对辖区内22家医疗机构的污水排放、处理质量进行调查，重点围绕：1）总余氯(采用氯制剂处理的污水)≥3.5～6.5 mg/L；2）粪大肠菌群≤900 MPN/L；3）致病菌不得检出的三项标准(GB 18466 -2001)。调查辖区内22家医疗机构,其中三级综合医院1家, 二级综合医院4家 ,传染病医院1家 ,专科医疗机构3家(妇幼保健所、血站、精神卫生中心)，一级医院(社区卫生服务中心)13家。其中9家的处理设备正常运转、6家出水合格。2006年奉贤区疾病预防控制中心对辖区内26家医院的污水处理设施安装及运行情况进行了普查，并对其中的16家的出水水质进行了抽检。执行标准GB18466-2005，具体指标包括：1）总余氯2～8 mg /L；2）粪大肠菌群 ≤5000MPN/L；3）致病菌不得检出。辖区内69.2%的医院设有污水处理设置，全区医院污水排放总量约为2364吨/天，61.5%的机构尾水直接排入附近河流。72.2%的医疗机构污水设备采用一级处理，设备运转率约为44.4%。安装污水处理设置的机构出水基本合格。2007年1月-2008年6月，崇明县对辖区的14家各级医疗单位的污水排放情况进行了普查，水质平均合格率76.09%。2010-2011年上海市长宁区卫生局卫生监督所对上海某区的70家民营医疗机构中的44家进行了抽样检测，94.3%的医院设置有消毒和污水处理设施，总体水质合格率为56.8%。2012年初，上海市闵行区疾病预防控制中心也对辖区内的29家医疗机构的污水处理和消毒情况进行了调查，有两家没有设置污水处理设施，污水指标合格率仅为58.62%，低于辖区内2008年调查的结果(82%)。尽管如此，复旦大学公共卫生学院的研究人员发现上海某医院污水与邻近居民小区的生活污水中存在抗生素耐药性的交互影响，医院污水可能对环境中耐药微生物污染的形成有着重要的影响。