（一）经营模式分散、管理粗放
从整体来看，养殖业方面仍然主要以单家独户的分散经营为主，基础设施投入较少，农户普遍缺乏技术和管理经验，人力、物力、财力等资源缺乏，没有形成规模化可示范性生态养殖点，生产投入不足，直接影响到产出发展。并且，因为养殖业本身受到自然环境的影响非常大，遇到自然不可抗力因素时，散户抵御能力较弱，更易受到损失。例如，水产养殖不仅对当地水质有极高的要求，同时，养殖模式和养殖技术的发展也直接影响到效益的产出。D屯草鱼养殖基地具有便利的地理优势和优越的自然条件，但是，基地的基础设施比较简陋，饲养管理模式仍然比较粗放，在鱼类养殖方面，品种单一，并没有最大化的利用好基地空间，以至于产生的经济效益、品牌效益、市场效益等有限，知名度不高。
另外，像生猪、肉牛、三黄鸡等规模化养殖管理方面，也存在技术人员短缺、管理粗放的问题。家禽和家畜在不同的生长阶段需要不同的饲养管理模式和环境条件，在一系列的养殖过程中，需要投入大量的人力、技术、资金等。但是，在调研过程中发现生猪、肉牛等养殖环境的卫生条件有待提高，而且，饲养设施和流程也需要不断的优化、改进。
特色农业的发展需要以先进的农业生产技术和精细化的管理模式为基础，如果在县、乡政府的引导下，没有配备相对健全的农技服务网络，或者说也缺乏专业人员对农户生产经营模式进行指导，那么，特色农业的可持续发展是很难实现的。通过与村干部的访谈了解到，目前农村的发展环境比较难留住农技专家及毕业的大学生，人才的流失是制约P县特色农业发展的关键因素。
（二）产业链条尚未形成、产品附加值低
目前，部分农业产业的发展仍然停留在农产品生产阶段，有些当地的加工企业也呈现出规模小、技术欠缺、人才缺乏、市场竞争力弱等特点，产品的深加工和附加值有待于提升。农业发展的现代化与市场化，需要比较完备的产业链条，产前——产中——产后良性循环的运营模式。透过P县农业示范区的规模，可以看出政府方面的专项资金扶持力度比较大，而且园区的自筹能力也比较可观。以H生态农业示范园区为例，其目前具有的规模以及定位具备一定的发展潜力，但是，从长远目标来看，园区势必要形成自己的品牌，所生产的产品在未来会流入全国市场甚至国外市场，这也就需要园区逐步提高生产现代化水平，配备相应的肉食类、果实类加工厂，并且，完善仓储设备和流通设施以提高冷链运输能力。
资金的相对充裕并不能使特色产业的发展具有绝对的优势，可持续发展仍然需要一定的技术和运营模式创新。如果农产品只是停留在生产阶段，缺少对其的分类、包装、升级等纵向深层次加工，则不能最大化的挖掘农产品的经济效益。反之，一般农产品经过商业化的处理后，则会打开更广泛的市场，提高产品的核心竞争力。
（三）科技创新投入不足、缺乏人才支撑
2015年10月，中共十八届五中全会强调，为实现“十三五”时期发展目标，破解发展难题，必须牢固树立并切实贯彻创新、协调、绿色、开放、共享的发展理念。创新发展，强调要不断推进理论创新、制度创新、科技创新、文化创新，让创新贯穿党和国家一切工作，激发社会活力。创新体现在多方面，当然，对于特色农业发展而言，技术创新至关重要。近年来，我国农业科技进步有力地支撑了特色农业产业发展，但与乡村振兴战略引领下绿色农业发展的要求相比，仍然存在需要提升的空间。例如，通过走访调研发现，P县科技创新投入不足，在种养殖方面，还欠缺一些水土质量的动态监测；对可能破坏农业生态环境、造成资源过度开发的行为控制不力；在种养殖废弃物循环利用方面，配套治污技术普及率低等，这些问题的解决，必然要求依靠科技创新的支撑，来切实转变高消耗、高污染、过度开发的粗放型发展方式，进而推动建立农业生产力与环境承载力相适应的绿色生态农业新格局。
另外，部分农产品加工企业也存在招工困难、员工文化素质较低等问题，员工文化程度多数处于大中专以下，有些流水线作业的员工也都属于熟练工，缺乏技术创新的技能。特色农业既是一种劳动密集型产业，也是一种技术密集型产业，种养殖方面需要普及科学技术，以适应迅速发展的客观形势。目前，P县各乡镇比较缺少种养殖方面的专业技术人员，技术推广网络还未形成，虽然每年都有一定数量的人员接受相关培训，但是毕竟人数有限，远跟不上实际工作的需求。如D屯草鱼养殖基地在养殖技术和产品推广方面，缺乏同学校、企业等单位的合作，没有形成产供销一体化的产业链。尤其，关于规范养殖、生态养殖、清洁养殖等方面的技术尚未普及，劳动力的数量和质量制约着现代农业产业的发展。