小农背景下的“小农经济”制约了村集体的管理和发展，独立自主的“小农”在旧有的农村宅基地制度管理体制下，村集体因无地可供、无权可批而对农民约束性很小，村集体变得无能、无为、无力而最终丧失管理。要想让村集体发挥管理集体土地包括农民宅基地的作用，就必须对村集体赋权给力，即通过改造现有“小农经济”来营造大农环境，农村事务统一管理，农村宅基地统一规划分配，实现大农管理。首先是改革农村宅基地制度,制定宅基地流转规则,积极引导宅基地的自愿有偿退出,尤其应当鼓励那些在城市已经有稳定生活保障且享有与城市居民同等城市公共服务的村民积极退出；其次是赋予村集体权力，依靠村集体规范管理集体土地，在开展宅基地确权登记颁证的基础上，通过“一户一宅”、面积限定等手段，编制和实施村庄规划；再次是建立农村宅基地流转市场，推动城乡协调发展,保障农民的财产性收益。
同时，在推进农村宅基地制度改革的过程中，也要防范和解决好以下问题：
1. “宅改”不当致农民居住功能弱化
据调查，不少已经进行了宅基地改革的乡村，服从城镇化建设要求，移民进城或者在城市、乡镇、平原地带进行建房安置，致使农民远离自己耕作的土地，不利于农民的生产生活。振兴乡村，是以乡村为主体，农民离开自己赖以生存的土地，服从宅基地改革导致生产或者生活不便，乡村振兴就成了本末倒置。
2 .腾退农村宅基地只顾眼前利益
在一些农村宅基地改革实践中，村集体把腾退出的农村宅基地作为富余土地全部流转了出去，这种做法虽然在当时为村民谋取了一定利益，但从长期看，并不利于乡村的发展和振兴。甚至于，当本村的新增村民需要分配宅基地时出现无地可分的现象，又可能重走乱占耕地、私搭乱建的老路。这种违反代际传承卖掉闲置宅基地的做法，表面看规范了宅基地管理，对农村闲置宅基地进行了改革和规范，实则与宅基地的持续保障和乡村的持续发展背道而驰。
3. 与乡村振兴的城乡融合发展战略冲突
不可否认，我国城镇化政策的推进，在许多农村异化为移民进城，农村出现了大量空心化。农民无论是务工移民还是整村搬迁，整体趋势是向城市转移，向县城集中，住房向生活便利的务工所在地集中。这种城镇化发展道路，带来的农村宅基地改革就是大量腾退偏远农村的宅基地，减量占用县城和乡镇的宅基地，宅基地的减补平衡掩盖了农村自身发展的内在需求。真正的乡村振兴，不是农村向城镇的单向流动，而是城乡的互相融合，吸引城市的资金、科技、文化等资源流向农村，如此才是真正的乡村振兴。