农村宅基地制度改革，涉及到农村土地的权属，鉴于农村土地的集体属性，改革起来需要界清村集体和农民间的权利和义务，而要彻底解决农村宅基地的改革问题，归根结底解决的是农民与宅基地的权利问题，或者说权属改革问题。
1 农村宅基地“三权”定义
农村宅基地“三权”是指农村宅基地的所有权、资格权和使用权。农村宅基地的所有权属于集体所有，这个没有任何争议；而农村宅基地的资格权学界略有争议，一种是说集体经济组织成员分配宅基地的“分配资格权”，另一种是说集体经济组织成员使用宅基地的“使用资格权”，考虑到三权分置中单列使用权，而“使用资格权”是使用权的前置，笔者倾向于“分配资格权”；农村宅基地的使用权是农民的终极权力，它既可以自己使用，原则上也可以出租、出售等。
2 农村宅基地改革建议
2.1 确定和规范农村宅基地的“三权分置”
农村土地集体所有，农村宅基地初次分配给农民时，宅基地的所有权性质不变，这一点需要明确，这为农民乱占土地划出了红线。农村宅基地的分配资格权，规定为只要是集体经济成员，就会享有，这个权力保留在农村里，只要户籍在农村就有资格，不因进城打工或者移民搬迁而被取消。农村宅基地的使用权带有权益性，只要农民拥有了分配来的宅基地，不管自用还是有偿让渡，都是在收获权益，法律对这个权利应予以确认和保护。
2.2 保障农民“一户一宅”用地
通过农村宅基地制度改革，一是规范农民“一户多宅”现象，多占宅基地采用清退、转让、回购等方式，坚持“一户一宅”政策；二是腾退闲置宅基地，置换或者补偿宅基地退出的农民，把闲置宅基地收归集体，盘活宅基地存量；三是集中建房，通过空中发展的方式少占地多建房，尽可能多地安置或保障农民实现“一户一宅”。同时，我国小农经济决定了农村宅基地分布不应过于集中, 宅基地改革要充分尊重农村家庭经营的小农意愿。
2.3 做好农村宅基地的存量和增量规划
目前农村宅基地最大的弊端是浪费严重，除了因为种种原因存在的房屋空置，农民人均占有宅基地远远高于城市也是农村宅基地浪费的一个因素。家庭经营的小农背景下“平房大院”是大部分农村的基本特征，一方面是宅基地供不应求，一方面是宅基地极大浪费。农村也应该做出规定和规划，杜绝土地浪费，集中建房和安置，把腾退出的宅基地作为存量进行重新规划，并在长远规划的基础上做出增量规划。
2.4 保证农民正当的宅基地收益
积极尝试农村住房的抵押、出租、合作开发等, 不断增加农村宅基地的财产收益。将农民自愿退出的宅基地除了给农民进行适当补偿外，作为农村集体建设用地的增减挂钩节余指标在省域内流转, 收益集体和村民共享。赋予农民宅基地分配退出、农房抵押贷款、收取有偿使用费等权力和义务, 把村民自治组织的主体作用落到实处。农民作为拥有农村宅基地资格权和使用权或者说农村房屋财产权的利益关键人，当自家的宅基地受到拆迁或者闲置宅基地退出时，同权和充分补偿更能保护农民权益，维护社会公平。
2.5 试行农村宅基地有偿使用
对于因历史遗留形成的本村村民“一户一宅”超标准占用宅基地、“一户多宅”或者通过村民间私下交易购买、非农村户籍的子孙继承农村宅基地上房屋的情形，可以尝试收取宅基地有偿使用费。原则上维护本村村民的公平利益，对已成家分户的村民，未进行过宅基地分配的村民首次申请宅基地在标准范围内无偿分配。