（一）现行土地用途管制立法不完善
我国土地用途管制制度实施的时间不长，使得现存的土地用途管制法律制度内容及实施细节不完善，因而在实践中操作性不强，违法用地问题严重。现行«土地管理法»中规定土地用途管制的法律条文很少，仅有第45条、第56条、第74条、第81条做了相关规定。而在新修改的«农村土地承包法»中有涉及土地用途的法条也只有第11条、第17条、第38条、第42条、第63条。可见，目前我国对于土地用途管制土地利用管理方面的立法零星分散不系统。立法的不完善是经营权转让后改变土地农业用途现象较为普遍的主要原因。同时没有体系化的立法往往会导致各部法律之间规定的内容出现相互矛盾的情形，这也会使得改变土地农业用途，违法用地情况较为严重。
就农地经营权流转中大量农地非农用途现象而言，现行土地用途管制制度往往忽视了对被管制者利益诉求的关注，即相关涉及被管制主体实际利益需求的法律规定供给不足。例如农地权利人一般只能将承包地用于农业生产而严格限制从事非农开发建设使用。我国«物权法»已明确将土地承包经营权规定为一项独立的用益物权，但仍然继续对农用地权利人进行单纯、无补偿的限制，明显有失公平。在经营权流转中，农民通常会在与经营权人磋商签订合同时了解到经营权人将如何使用土地，包括改变用途违法用地的情况。但农民在土地利益取得方面处于弱势地位，即使知道经营权人将改变农地用途来经营土地也依然会将农地经营权流转出去。一些地方政府为发展本地经济，将大量农用地转为建设用地从事非农化开发建设。地方政府既是土地资源的管理者又是经营者，作为管理者的地方政府更多考虑到地方政绩发展，为此他们通常利用职权擅自改变土地用途。现行立法对其管理土地及经营土地的规定设置平衡不到位，未考虑到其利益冲突。因此从土地用途管制的立法层面重视和关注诸方的利益诉求，进行合理系统的立法就显得非常重要。
（二）农地掠夺性经营导致生态破坏
我国目前的农地现状不容乐观，水土流失、酸化、盐碱化等已经导致我国大部分的耕地面积发生退化，土壤污染导致耕地质量不断下降。加之城市化和工业化的快速推进，人口数量的增长，社会对农产品的需求也在不断的增加，这都要求土地资源在空间上做出相应的有效配置。为了满足社会对农产品日益增长的需求和有效地平衡农产品的供需矛盾，一方面不得不增加对耕地的能量投入和提高农产品的质量。这会使得不断提高化肥的投入量，对耕地过度垦殖使用。另一方面，在经营权发生流转后，这种破坏耕地的掠夺性经营现象会更加严重。因为对于经营权人来说他们对土地的经营是有期限的，他们考虑更多的会是如何在有限的时间内通过有限的土地获取更多的利益。他们往往对土地进行掠夺性的经营、过度使用造成水土流失、土壤板结、地下水源污染等质量下降的负外部性，生态环境遭受到严重破坏。这既有对农地经营权的土地用途管制中忽视生态保护问题，又存在对这样掠夺式的经营并没有相应的约束与处罚较轻的问题。就经营权人自身而言，比起农地以及生态的保护来说，可能眼前的利益更为重要。另外，经营权人在进行农地经营管理时不会自觉的对农地各个区域进行分类经营，往往是哪块地适于耕作就加大力度使用化学药品提高农产品产量、甚至改变农产品的性状，长此以往会对整个生态环境造成非常重大的影响。经营权转让后经营权人为短期获利而掠夺性经营导致生态不断恶化，形成恶性循环，我国的土地用途管制是时候该对这样的掠夺性经营行为做出回应了。
（三）土地用途管制中监督保障机制缺失
《土地管理法》中对土地用途管制监督检查的规定相对单一，较为原则，在监督检查过程中存在执法不严、监督不力等问题，不能及时发现改变农地用途的违法行为。当经营权人在经营土地过程中悄悄改变农地用途时，监督检查部门往往不能第一时间发现。等到经营权人在农地上进行非农用途很长一段时间后才发现，这样会造成大量农地用途发生改变，农地被破坏，经营权人却因此获得丰厚利益。长此以往还会助长经营权人进行违法行为的心理，加之监管部门并未在经营权人改变农地用途的初期进行制止，一旦到发现的时候经营权人往往已将土地改变用途经营一段时间。此时即使是出于对经营权人惩罚，采取措施令其将土地恢复原状，也无法完全保证与未改变用途前的土地性状一样。
另外，广大人民群众也没有起到监督的作用。如果说监管部门对于这些违法改变用途用地行为发现存在时间、空间上的距离差，那么同在一个乡村土地上生活的人民群众发现这样的违法行为应该相对容易，他们应该是监督队伍的重要组成部分。但实践中公众却并未能参与监督，土地利用规划编制从开始就缺乏公众参与，一般直接由政府人员和专家学者参与商讨，政府信息不公开，透明度不高，公民对其知晓度低。这也是造成公众不能及时参与进行监督，导致监管不力的重要原因之一。因此，加大公众在土地用途管制中的监督作用显得非常迫切。
（四）土地用途管制法律责任处罚轻
我国«土地管理法»规定有不按管制要求用途进行土地利用，非法占用耕地并改作他用等行为所负的责任，但对法律责任的规定显得相当笼统，并且责任设定也相对较轻，其操作性不强，会出现执法不严，执法困难，罚不当其错，罚不当其责等问题，从而使土地用途管制制度难以有效的贯彻实施。其法律责任大体为“责令限期改正”“处以罚款”“对行政人员的行政处分”“依法追究刑事责任”等，如此轻微的法律责任，根本不能起到震慑作用，相反会使得行为人因违法成本低而知法犯法。